学术论文在经过同行评议后，除了一些被拒稿而丧失修改机会以及极少数无需修改直接录用外，很多论文被给予大修或小修的机会。
如果论文作者能够按照审稿专家和期刊编辑的要求修改完善，论文就能发表。
回复审稿意见是几乎每个作者的必修课，是一项非常重要的技能。
修改论文是常态化活动，须未雨绸缪
按照审稿意见修改论文是很正常的，不修改反而是不正常的，原因有三。第一个原因是论文本身通常都存在问题，作者自己有时无法察觉。第二个原因在于同行评议是复杂的主观评判过程，不同的审稿专家可能会对相同的稿件给出截然不同的意见。第三个原因是学术期刊希望保持一定的拒稿率，因为拒稿率是期刊评价标准之一。因此，有些期刊把大修算成拒稿，不称为“大修后接受”，而改称“拒稿，但修改后可重投本刊”。论文作者须以平常心看待审稿意见，并且在科研数据安排和论文内容撰写上都预先做好准备，未雨绸缪，避免在大修意见来临时措手不及。
论文小修时须注意英文润色
当论文被要求小修（minor revision）时，很可能意味着修改的论文无需经历第二次同行评议，即期刊编辑很可能会根据论文的修改程度对论文做出最终决定，导致小修后有可能被拒稿。这种情况的特点是编辑一个人说了算，既有好处，也有坏处。好处是稿件无需经过评审专家的重审。坏处是如果编辑不满意，评审专家的意见无法帮忙。因此，论文作者需要非常谨慎地回复小修意见，以免惹恼编辑。小修中的很多评审意见是关于英文语言问题的，包括建议英文润色。论文作者必须重视这种建议或警告，因为很多期刊都只给一次修改机会。最好和最稳妥的办法是请专业学术编辑机构完成英文润色，不要自己乱改而毁掉唯一的宝贵修改机会。
论文大修时须注意驳回扩大研究范围的要求
当论文被要求大修（major revision）时，编辑通常会将修改后的稿件发给第一次评审时的专家再次评审。大修意见通常涉及论文的正确性、创新性、完整性。期刊会要求审稿专家对论文的各项指标打分。例如，在创新性上，论点有无创新，发现或方法有无突破，是属于有意义的论证性再现还是简单重复等；成果的价值是重大还是意义不大；论文的影响力是长久的还是短期的，是影响大学科还是小学科领域等。如果论文在这些方面得分很低，通常会被建议拒稿，而非大修。
大修的评审意见通常包括以下三条：增加参考文献引用量；增加讨论；增加计算或实验内容。这最后一条是最难应对的，也是最容易在作者和评审专家之间引发争议的。如果作为论据的计算或实验内容已经足够充分，那么评审专家不应越权要求扩大研究范围，因为只有作者才有权决定渐进式科研工作的内容范围划分，这一点必须得到尊重。由于篇幅所限和科研工作的渐进式性质，任何工作都不可能在一篇论文中做得全面和完美，必须在后续论文中予以补充发展。因此，评审专家不应为了扩大研究范围而要求作者补充非必要的计算或实验内容。扩大范围通常涉及增加研究目标或影响因素，例如从A燃料扩大到B燃料，或从5个影响因素扩大到10个影响因素。这种扩大研究范围的要求属于不合理要求。作者应当解释为什么不宜把这些内容放在当前的论文中。然而，如果是没有将5个影响因素对A燃料的作用说清楚或说完整，只给了3张图，缺一张瞬时响应变化图，从而造成无法得出正确结论，这时评审专家要求补充那张图，就属于合理要求。
回复审稿意见时的七大要点
- 获得资深作者（例如通讯作者）的帮助和关键指导作用。回复审稿意见是需要高度智商和情商的与人打交道的高难度活动。撰写回复函是资深作者的典型职责，因为回复审稿意见好比是律师向法庭提交诉状或抗辩书，是极为重要的环节，必须由资深人员亲自把关指导。
- 用礼貌和尊敬的态度回复审稿人。审稿专家通常是免费义务劳动，付出时间精力。因此，无论给出的是肯定的意见，还是否定的意见，作者都需要以博大的胸怀尊重审稿专家的付出，理解其对维护学术秩序的贡献。不可否认，同行评议也会出现不公正甚至丑恶的现象。作为论文作者，可以不认同评审意见，也可以怀疑审稿专家滥权，但在回复时必须保持礼貌和克制。
- 无遗漏地逐条回复。将审稿意见全部复制进Word文件格式的回复函，然后在各条意见下逐条撰写回复。审稿意见和作者回复须用不同颜色予以区分，例如黑色为审稿意见，蓝色为作者回复，红色为论文中的修改。
- 方便评审专家阅读。对于每条审稿意见，不仅必须在论文中修改，而且需要在回复函中注明论文修改稿中的页号、行号、图表号，并须将修改前后或新增的论文内容以文字或截屏图片的形式均复制在回复函中，不能怕麻烦。这样能使审稿人感到作者的态度是周到和认真的。
- 避免审稿人尴尬。审稿专家有时会出错或理解有误，或提出不合理要求或可改可不改的要求。论文作者需要在维护自己利益的情况下，避免让审稿人为难。这里举两个例子。首先，对于审稿人提出的错误问题，应先引用论文中的相关语句，指出论文的真正意思；然后承认是自己的表达有问题，让审稿人曲解了意思，表达歉意；最后指出句子已经重写，语意表达更为准确。这样能够避免由于正面否定审稿人而造成的尴尬，同时也让审稿人感到作者是做事非常周到可靠的人而喜欢。第二个例子是关于可改可不改的要求，例如转速r/min。审稿专家要求将所有十几个图中的r/min都修改为RPM，但是这样做的工作量很大，实际上没有必要修改。论文作者可以这样回复：“非常感谢您的建议，这个建议很好。我们查了文献中关于该单位的三种用法：r/min，RPM和rpm。经过仔细比较后，我们觉得r/min比RPM和rpm都好，因为可以避免读者争论究竟是RPM还是rpm哪个更好，很多作者使用过rpm。因此，论文中的r/min以维持不变为宜。”这样就巧妙地将问题复杂化，从而避免修改，也表现出对评审意见的尊重，而非简单粗暴地拒绝修改，让审稿专家为难，或者花费大量时间去重新作图修改。
- 理陈述反驳意见。对于不同意的审稿意见，包括为什么不能补充数据，需要给出合理理由。
- 按照规定日期及时返稿和提交回复函。大修或小修均有截止日期，应安排足够的时间回复。
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